RasMol / Chime Color RGB Значения

  1. Предопределенные названия цветов RasMol
  2. CPK Цвета
  3. Цвета структуры
  4. Пользовательская цветовая схема
RasMol / Chime Color RGB Значения
Выдержка из Справочного руководства RasMol

Эрик Марц - 13 апреля 1998 г .; пересмотрен 5 декабря 1998 г., 9 января 2000 г.

http://www.umass.edu/microbio/rasmol/distrib/rasman.htm

Цвета экрана компьютера состоят из трех основных цветов: красного, зеленого и синего (RGB) . Следовательно, любой цвет может быть указан как триплет значений интенсивности RGB. Обычно каждая интенсивность может находиться в диапазоне от 0 до 255 десятичных, что составляет от 00 до шестнадцатеричного FF.

Команда RasMol color использует десятичные тройки RGB, тогда как HTML требует шестнадцатеричные тройки Команда RasMol color использует десятичные тройки RGB, тогда как HTML требует шестнадцатеричные тройки. Вот почему обе формы приведены ниже. Чтобы слово « Азот» появилось в цвете CPK RasMol для азота [143, 143, 255], синтаксис HTML имеет вид <font color = "# 8F8FFF"> Азот </ font>.

Chime 2 Chime 2.0 может принимать цветовые команды в шестнадцатеричном и десятичном виде в стиле RasMol. В Chime 2.0 выделенные атомы могут быть окрашены, например, темно-зеленым с помощью команды «color [x00A000]», что упрощает построение HTML-текста с соответствующим цветом .

Для преобразования десятичных значений в шестнадцатеричные и наоборот в Windows 95: Пуск, Программы, Стандартные, Калькулятор. Введите десятичное число и выберите Hex.

Если вы часто хотите использовать цвет, не предопределенный, вы можете написать однострочный скрипт. Например, если вы сделаете файл grey.spt, содержащий строку

цвет [180,180,180] # серый

затем командный скрипт "grey.spt" окрашивает текущий выбранный атом в серый цвет. (В командах RasMol принимает британское и американское правописание, например, цвет или цвет). Преимущество состоит в том, что если вы позже захотите изменить цвет, вам нужно изменить только значения RGB в файле сценария, и тогда везде, где используется этот сценарий, цвет автоматически станет новым оттенком.

Приведенные ниже значения RGB были проверены с помощью исходного кода для RasMol версии 2.6 beta 2a (файл transfor.c).

Предопределенные названия цветов RasMol

ИМЯ РАСМОЛ HTML черный [0,0,0] 00 00 00 белый [255,255,255] FF FF FF синий [0,0,255] 00 00 FF зеленый [0,255,0] 00 FF 00 красный [255,0,0] FF 00 00 желтый [255,255,0] FF FF 00 пурпурный [255,0,255] FF 00 FF голубой [0,255,255] 00 FF FF оранжевый [255,165,0] FF A5 00 redorange [255,69,0] FF 45 00 фиолетовый [238,130,238] EE 82 EE пурпурный [160,32,240] A0 20 F0 зелено-синий [46,139,87] 2E 8B 57

Будьте осторожны: эти имена не дают одинаковые цвета в HTML.

CPK Цвета

НАЗВАНИЕ ЭЛЕМЕНТА ЦВЕТА RGB DECIMAL RGB HEXADECIMAL

Углерод светло-серый [200,200,200] C8 C8 C8 Кислород красный [240,0,0] F0 00 00 Водород белый [255,255,255] FF FF FF Азот светло-синий [143,143,255] 8F 8F FF сера желтый желтый [255,200 , 50] FF C8 32 Хлор, бор зеленый [0,255,0] 00 FF 00 Фосфор, железо, барий оранжевый [255,165,0] FF A5 00 Натрий синий [0,0,255] 00 00 FF Магний лесной зеленый [34,139,34] 22 8B 22 Zn, Cu, Ni, Br коричневый [165,42,42] A5 2A 2A Ca, Mn, Al, Ti, Cr, Ag темно-серый [128,128,144] 80 80 90 F, Si, золотистый Au [218,165,32 ] DA A5 20 йод фиолетовый [160,32.240] A0 20 F0 литиевый огнеупорный кирпич [178,34,34] B2 22 22 гелий розовый [255,192,203] FF C0 CB неизвестен темно-розовый [255,20,147] FF 14 93 См. Руководство для цветно-графической сводки цветов CPK.

Цвета структуры

Цветовая схема структуры RasMol окрашивает молекулу по вторичной структуре белка.

Структура Десятичный RGB Шестнадцатеричный RGB Альфа спирали красно-пурпурный [255,0,128] FF 00 80 * Бета-нити желтого цвета [255,200,0] FF C8 00 * Становится бледно-синим [96,128,255] 60 80 FF Другой белый [255,255,255] FF FF FF * Значения данные в RasMol 2.5 Quick Reference Card 1994 года ([240,0,128] и [255,255,0]) не соответствуют RasMol 2.6-бета-2a.Это исправление было сделано выше 5 декабря 1998 года

. Вторичная структура либо считывается из файла PDB (записи HELIX и SHEET), если он доступен, либо определяется с использованием алгоритма DSSP Кабша и Сандера. Команда структуры RasMol может использоваться для принудительного использования назначения структуры DSSP.

Пользовательская цветовая схема

Если вы хотите использовать собственную схему раскраски, обычно для этого проще создать короткий сценарий, чем вставлять значения в файл PDB. Сценарий также имеет то преимущество, что он может быть вызван для любой отображаемой в настоящее время молекулы. Пример такого скрипта содержится в шаблоне Chime в виде файла cs_amphi.spt (Color Scheme AMPHIpathic).

определить временный выбранный выбранный цвет белка [208,208,208] # серый выборочный цвет белка и основы [100,50,100] # тупой пурпурный выделенный белок, а не (гидрофобный или основной) цвет пурпурный

выделенный временный В первой и последней строках убедитесь, что все, что было выбрано до скрипт был запущен, остается выбранным после его завершения. Если вы хотите, чтобы цветовая схема применялась ТОЛЬКО к тому, что выбрано до запуска сценария, используйте эту форму: определите временно выбранный выделенный белок и выбранный цвет [208,208,208] # серый выделите белок и основную цепь и выбранный цвет [100,50,100] #dull пурпурный выделенный белок, а не (гидрофобный или остов) и выбранный цвет пурпурный выделите временно